Byly izolovány ze zástupců rodů planktonních, bentických i půdních sinic rodů ''Anabaena'', Microcystis, Oscillatoria (Planktothrix), Nostoc, Anabaenopsis, Hapalosiphon,'' aj. Jedná se o cyklické heptapeptidy. Je známo přes 60 strukturních variant s molekulovou hmotností 909 - 1115. Ačkoli mnoho cyanobakterií produkuje souběžně několik mikrocystinů, v určitém kmenu obvykle dominují jen jedna nebo dvě strukturní varianty.